勤怠管理システムおすすめ17選｜無料プラン・補助金対応もわかる完全ガイド【2025年最新版】

勤怠管理システムとは？普及している背景

勤怠管理システムとは、企業が従業員の出退勤時間や休暇、残業時間などをデジタルで記録・管理するためのツールです。従来はタイムカードやExcelによる手作業管理が中心でしたが、近年はICカードやスマートフォンアプリ、クラウドサービスを活用したリアルタイム管理へと移行が進んでいます。

勤怠管理システムが普及している背景には、政府による働き方改革関連法の施行に加え、コロナ禍によるテレワークの拡大、さらに電子帳簿保存法・労働基準法改正への対応があります。企業は、場所や時間にとらわれない柔軟な働き方を支援すると同時に、労働時間の適正な把握と記録のデジタル化を進める必要に迫られています。

最近では、スマートデバイスを使った打刻や、位置情報（GPS）による出勤管理、AIによる勤務実態分析など、クラウド型勤怠管理システムの多機能化・高度化が加速しています。

近年の勤怠管理システムのタイプ

従来の勤怠管理は、紙のタイムカードを機械に差し込んで打刻する方法が一般的でした。しかし、近年はミスや不正を防止し、業務効率を向上させるために、より高度な勤怠管理システムが普及しています。

勤怠管理システムは、打刻方法が多様化しており、自社の働き方や職場環境に適した手段を選定することが重要です。現在利用されている代表的な打刻方法は以下のとおりです。

店舗・オフィス勤務向け

テレワーク・外勤勤務向け

36協定・労働基準法対応の必要性

企業は36協定の遵守・記録義務を正確に果たす必要があります。36協定とは、労働基準法第36条に定められた労使協定のことで、法定労働時間を超えて労働させたり休日労働をさせたりする場合には、企業と労働者の間で協定を結ぶ必要があります。

記録保存義務（3年間）や、労使協定の締結・更新の管理が必要で、36協定を締結せずに残業や法定休日出勤をさせたり、上限を超える時間外労働をさせたりした場合は法律違反となり、6ヵ月以下の懲役または30万円以下の罰金が科せられる可能性があります。

2019年4月から大企業で、2020年4月から中小企業で施行された改正労働基準法では、1日8時間、週40時間の法定労働時間を超える時間外労働は、36協定を締結していれば可能ですが、原則月45時間・年360時間までと上限が設けられています。

勤怠管理システムでは、このような法令に対して対応する機能が搭載されています。

• システムで残業上限を自動チェック
• 月45時間超過時点で管理者にメール通知
• アラート機能による36協定違反の防止
• 時間外労働の上限値や警告値の基準に達するとアラート表示

勤怠管理システムのメリット・デメリット

勤怠管理システムは多様な機能を備えており、導入することで業務効率化や法令遵守の支援が期待できます。しかし一方で、コスト負担や運用面での課題も存在します。メリットとデメリットを正しく理解し、自社に適したシステム選定を行うことが重要です。

導入メリット｜業務効率化・法令対応・従業員満足度の向上

勤怠管理システムを導入することで、業務の効率化やコンプライアンス対応が進み、従業員満足度の向上が期待できます。特に、出退勤データの正確な記録と集計作業の自動化により、人事部門の負荷軽減につながります。

導入デメリットと注意点｜コスト・定着支援・運用負荷

勤怠管理システムは便利な反面、導入には初期投資や運用の定着に一定の課題が伴います。社内のITリテラシーや現場の理解度によっては、スムーズな運用に時間を要する場合もあるでしょう。デメリットには、以下の点が挙げられます。

勤怠管理システムの主な機能

勤怠管理システムには基本的な出退勤管理にとどまらず、データ集計や休暇管理、残業抑制、他システムとの連携など、さまざまな機能が備わっています。まずは、代表的な機能を一覧で見てみましょう。

このように、勤怠管理システムは単なる時間管理にとどまらず、労働時間の適正管理や業務効率化、コンプライアンス強化を支援する仕組みが整っています。

出退勤打刻機能（ICカード・スマホ・GPS対応）

勤怠管理システムには、リモート勤務や外回り、現場作業など、働く場所や環境が異なる場合でも、正確に勤務時間を記録できる機能が揃っています。柔軟な働き方をサポートするために、さまざまな打刻方法を利用できるのが特徴です。

現在主流となっている打刻方法には以下のようなものがあります。

テレワークや出張がある従業員が多い場合は、スマホ打刻対応の勤怠管理システムがおすすめです。PCや認証機器が不要で、どこからでもスマホで簡単に打刻できます。GPS機能を使えば、出張先の位置情報も記録できるので、勤務場所の把握も可能です。スマホ＋GPS打刻や顔認証など、勤務スタイルに合わせた使い分けができます。

勤怠データの集計とレポート機能

勤怠管理システムでは、勤怠データが自動で集計され、レポートも迅速に出力できます。手作業による集計ミスや工数を減らし、管理者は勤務状況をスムーズに把握できるようになります。

主要な集計・レポート機能は以下の通りです。

これらの機能を活用すれば、複雑な勤怠データも自動で整理でき、必要な情報をすぐに取り出せます。勤務時間や休暇取得状況を視覚的に把握できるため、人件費や残業コストを管理しつつ、労働環境の健全性をチェックすることにも役立ちます。

シフト・休暇管理

勤怠管理システムを使えば、シフト作成や休暇管理をスムーズに進めることができます。紙やExcelに頼った場合に起こりがちな集計ミスや承認漏れを防ぎ、管理業務の負担を減らす効果が期待できます。

有給休暇、代休、振休、慶弔休暇など、多様な休暇制度に対応し、取得状況を一元管理できます。時間単位・半日単位の取得や有効期限設定にも対応しており、ルール管理が簡単になります。

また、自動シフト作成や有給残日数の自動更新、申請・承認ワークフロー機能も搭載されており、労務管理を効率化し、担当者の負担軽減につながります。

残業管理と自動アラート通知

勤怠管理システムには、労働時間の過剰な超過を防ぐため、一定時間を超えた場合に自動でアラートを通知する機能が搭載されています。36協定の遵守や、法令違反のリスクを未然に防ぐために有効です。

この残業管理の機能では、時間と日数を基準に、残業時間や遅刻回数が一定の値を超えた場合にアラートを表示できます。打刻忘れなどの計算できないデータも一覧で確認できるため、管理者は従業員の労働状況をリアルタイムで把握し、法令違反のリスクを事前に回避できます。

申請・承認・ワークフロー機能

勤怠管理システムの申請・承認機能では、有休・残業・早退など勤怠に関わる手続きを一元管理できます。すべての申請から承認までをデジタル化することで、業務効率を高めるだけでなく、過去の履歴も正確に保存でき、労務管理の透明性向上にもつながります。

申請から承認までの流れをデジタル化することで、これまで見えにくかった業務プロセスを可視化できます。さらに、申請履歴も自動で保存されるため、労務管理の効率化と透明性向上に役立ちます。申請者自身も進捗を確認できるため、手続きの管理がしやすくなります。

給与・人事システムとのAPI連携

勤怠管理システムには、他システムと連携する機能が備わっています。勤怠データを給与システムなどへ連携すれば、データの二重管理や手入力作業を削減できます。

このようなAPI連携により、勤怠管理から給与計算まで一気通貫した業務プロセスを構築できます。

失敗しない勤怠システムの選び方【企業規模・課題別・タイプ別】

勤怠管理システムは多種多様であり、企業の規模や業種、抱えている課題によって適切な製品は異なります。ここでは、中小企業・大企業といった企業規模や、業種別のポイント、コスト面を重視するケースなど、具体的な選び方について解説していきます。

企業規模で選ぶ｜中小企業・大企業の導入ポイント

自社の規模に応じたシステムを選ぶことで、コストと効果のバランスが取れた導入が実現できます。中小企業と大企業では導入目的や必要な機能が根本的に異なるため、それぞれに特化した選択基準を設けることが重要です。

• 中小企業：操作性とコストを重視した製品が適している
• 大企業：高度なカスタマイズや多拠点管理、他システムとの連携が重要

中小企業向け｜コスパ重視・簡単操作

中小企業には、操作性とコストを重視した製品が適しています。少人数でも使いこなせ、かつ導入費用を抑えられるシステムが求められるため、機能のシンプルさと導入のしやすさが重要な判断基準となります。

中小企業では人事専任者が少ないケースが多く、操作が簡単で費用負担の少ないシステムが必要とされます。複雑な機能よりも、日常業務にすぐなじむ使いやすさが、導入成功のカギになります。

大企業向け｜柔軟性・連携性・セキュリティ重視

組織が大きくなると人事制度や勤務ルールが複雑化するため、勤怠システムにも高い柔軟性が求められます。複数拠点の管理や他システムとの連携が可能で、企業ごとの細かい要件に対応できるかが、選定時の大きなポイントになります。

大企業では、単なる勤怠管理にとどまらず、人材戦略の最適化やグローバル拠点との連携、厳格なコンプライアンス対応が求められます。そのため、制度変更にも柔軟に対応できる拡張性や、他システムと連携できる統合性を備えたシステムを選ぶことが重要です。

業種で選ぶ：建設業・製造業・医療・小売・介護・派遣など

勤務場所・勤務時間・シフト制の複雑さなど、業種ごとに求められる管理要件は異なるため、業界特有のニーズに対応したシステムを選定することが重要です。

業界特化型のシステムを選ぶことで、一般的な勤怠管理ツールではカバーしきれない現場ごとの細かな要件に対応でき、運用開始後のカスタマイズ工数やトラブルを大幅に削減することが可能になります。

業界ごとの注意点

業界ごとに働き方や管理方法が違うため、勤怠システムの選び方にも注意が必要です。業界特有の要件に合わないシステムを選ぶと、運用開始後にトラブルが起こるリスクが高まります。

こうした失敗を防ぐには、同じ業界の導入事例を参考にすることが効果的です。よくある課題やその対策を事前に把握でき、導入後のイメージもつかみやすくなります。実績が多いシステムを選べば、業界特有の運用にも柔軟に対応できます。

コスト・補助金を重視する場合の選び方

勤怠システムを低コストで導入したい場合、補助金制度の活用や無料プランの有無を必ずチェックしましょう。特に中小企業向けにはIT導入補助金の対象となるシステムも多く、うまく活用できれば初期コストを大幅に削減できます。無料プランや段階的導入、長期契約による割引もコスト圧縮に有効的です。

システムの選定段階から、補助金対象か、無料プランが適用できるかを確認し、無理なく導入できるプランを選びましょう。低コストにこだわりすぎず、機能やサポート体制とのバランスを見ることも重要です。

IT導入補助金の活用と対象製品の確認方法

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者がITツールを導入する際に使える国の支援制度です。勤怠管理システムも対象に含まれており、条件を満たせば導入費用の一部を補助してもらえます。システム導入コストを抑えたい場合は、積極的に活用を検討しましょう。

勤怠管理システムを補助金対象として選ぶには、IT導入補助金2025の公式サイトに対象であることが記されているかを確認するのが基本です。

また、補助金申請には書類作成や手続きが必要で手間がかかります。IT導入補助金の公式サイトでは詳しい申請手順が案内されていますが、システム販売会社が申請サポートを提供している場合もあります。サポート体制の有無もあわせて確認しておくと安心です。

導入タイプ別で選ぶ｜クラウド型 or オンプレミス型

勤怠管理システムを導入する際は、システムの運用形態を「クラウド型」と「オンプレミス型」のどちらにするかを選ぶ必要があります。それぞれに特徴とメリット・デメリットがあるため、自社の規模や運用方針に合ったタイプを選択することが重要です。

クラウド型｜低コスト・リアルタイム管理がポイント

クラウド型は柔軟性・リアルタイム性に優れ、導入もスムーズです。インターネット環境があれば場所を問わず利用でき、アップデートも不要なため、特に中小企業での導入が進んでいます。

クラウド型は、初期コストを抑えたい企業や、リモートワークを取り入れたい企業に適しています。柔軟な運用やリアルタイムな情報把握を重視する場合に、有力な選択肢となります。

オンプレミス型：高セキュリティとカスタマイズ性がポイント

オンプレミス型は、セキュリティ重視の企業や独自要件がある場合に有効です。自社内のサーバーで管理するため、情報漏洩リスクが低く、細かい設定が可能な点が最大の特徴です。官公庁や金融機関、機密情報を扱う企業、大規模な組織での導入が多く見られます。

オンプレミス型は、セキュリティやカスタマイズ性を重視する企業に向いています。外部アクセスのリスクを最小限にしたい場合や、独自要件が多い場合に検討されます。

2025年最新版！おすすめ勤怠システム17製品を比較【一覧】

価格や機能、対象規模を一覧で比較し、自社に合う勤怠システムを見つけやすくしました。クラウド対応や無料プラン、補助金対象かもあわせてチェックできます。

おすすめ勤怠システム17選【企業規模・業種・目的別】

企業の規模・業種・目的に応じて、最適な勤怠管理システムは異なります。ここでは厳選した17製品を5つのタイプ別に紹介していきます。

• 中小企業向けおすすめ勤怠システム
• 大企業向けおすすめ勤怠システム
• 周辺業務の効率化に強いおすすめ勤怠システム
• 業界特化型おすすめ勤怠システム
• テレワークや多様な働き方対応におすすめ勤怠システム

導入から運用までの流れと注意点

勤怠管理システムを導入する際には、計画的な準備と運用体制の整備が不可欠です。ここでは、導入から定着までの流れと注意すべきポイントを解説します。

導入前の準備と比較検討のポイント

勤怠管理システム導入において最初に行うことは、自社の勤怠管理における課題を整理し、必要な機能や運用条件を明確にすることです。

システムによって強みや対応範囲が異なるため、複数の候補を比較検討する必要があります。価格や機能だけではなく、将来的な拡張性やサポート体制もチェックしましょう。導入目的と期待する効果を社内で共有し、選定基準を統一しておくと、導入後のミスマッチを防ぐことができます。

導入ステップと社内体制の整備

導入フェーズでは、まず自社ニーズを明確にし、必要な機能や条件を洗い出した上でシステムを選定しましょう。契約締結後、システムを実際に稼働させる前にテスト運用と調整が必要です。

さらに、本格運用の前に、従業員向けに操作研修や説明会を行い、システム利用への理解を深めてもらいます。スムーズな導入には、現場部門との連携や社内ルールの見直しも重要です。

運用定着化と従業員の習熟サポート

システム導入後の定着化には、従業員向けの操作研修やマニュアルの整備が効果的です。システムの使い方を理解してもらうことで、入力ミスや運用トラブルを防止できます。

また、導入後も一定期間は利用状況をモニタリングし、課題が発生した場合には迅速に対応できるサポート体制を整えておきましょう。現場の声を反映しながら、運用ルールの改善やサポート強化を図ることで、システムの定着と効果的な運用を実現します。

よくある質問（FAQ）

勤怠管理システムに関するよくある疑問をまとめました。導入前に気になるポイントを簡単にチェックできます。

まとめ｜勤怠管理システムを比較して自社に最適な選択を

勤怠管理システムは、業務効率化だけでなくコンプライアンス強化や従業員満足度向上にもつながる重要なツールです。多様な製品から自社に最適なシステムを選ぶためには、機能・コスト・サポート体制をしっかり比較検討することが欠かせません。

本記事を参考に、自社の働き方や課題に合ったシステム選定を進め、より良い労働環境づくりに役立ててください。